Obszar Gminy Augustów już od 12 tysięcy lat p.n.e. był zamieszkany przez myśliwych i hodowców reniferów. Ślady tych mieszkańców znaleziono w rejonie Wójtowskich Włók – przy ujściu Kamiennego Brodu do jeziora Necko. W okresie IV-III tysiąclecia p.n.e. pojawiły się kultury rolnicze. Z III-V w. n.e. pochodzi cmentarzysko kurhanowe w Neckim Borku (pomiędzy Białobrzegami a Nettą), które było wykorzystywane przez lud pochodzenia bałtyckiego. Żyło tu plemię Klińców lub Połekszan. Wskutek wypraw krzyżowych w końcu XIII w. podejmowanych przez książąt polskich, ruskich i Zakon Krzyżacki, Jaćwież została wymazana z mapy Europy. Tereny te stały się sporne pomiędzy Litwą, Państwem Zakonnym i Mazowszem, porośnięte wówczas puszczą, stały się naturalną barierą graniczną.
Stałe osadnictwo ponownie pojawiło się z początkiem XV w. Od 1422 r. Tereny obecnej gminy znalazły się całkowicie w obrębie Wielkiego Księstwa Litewskiego. Zasiedlali je osadnicy mazowieccy, Rusini, potomkowie Jaćwingów, Litwini, Polacy z dalszych okolic kraju. Pierwsze wsie powstały przy granicy z Prusami (Grabowo i Rutki). Do połowy XVI w. za panowania Zygmunta Augusta została osadzona cała zachodnia strona dzisiejszej gminy. Wsie miały różne statusy, niektóre weszły w skład dóbr prywatnych (Radziwiłłów, Wołłowiczów i Paców – Janówka, Mazurki, Preyfoussów – Grabowo). Od 1569 r. ziemie na południe od Kamiennego Brodu i jeziora Necko oraz na zachód od rzeki Netty weszły jako część Podlasia do Korony Polskiej, tworząc starostwo augustowskie, powołane w 1572 r. z siedzibą w Netcie. Nazwę wywiodło od miasta, którego założycielem był Król Zygmunt II August.

Obecne cztery wsie – Żarnowo, Turówka, Biernatki, Uścianki, były przedmieściami Augustowa, a ich mieszkańcy mieli równe prawa z mieszczanami. Wsie znajdujące się na lewym brzegu Netty w większości powstały z zakładów przemysłowych, takich jak rudnie, smolarnie, potażnie oraz osad drwali i strażników leśnych dopiero w XVIII w. Ciężka praca mieszkańców przerywana była klęskami elementarnymi i wojnami (np. w 1656 r. orda tatarska wspomagająca hetmana Gosiewskiego, 1710 r. – wielka zaraza przeniesiona przez wojska w wojnie północnej). Kolejne lata przynosiły poprawę i odbudowę osadnictwa. Najmłodsze wsie – Gabowe Grądy i Bór, zostały założone w 1867 r. przez Rosjan – staroobrzędowców. Po upadku Rzeczypospolitej teren gminy wszedł do zaboru pruskiego (1795 – 1806 – rozdzielały go wówczas powiaty wigierski, goniądzki i dąbrowski), potem do Księstwa Warszawskiego, po klęsce Napoleona – do Królestwa Polskiego (Kongresowego) – w obwodzie augustowskim.
Puszcza Augustowska była ostoją partyzantów w czasie powstania listopadowego ( oddziały Szarkowskiego, Zaliwskiego, Mirskiego i Babińskiego) i styczniowego (Andruszkiewicza, „Wawra” – Ramotowskiego, Reklewskiego, Szukiewicza i inne). Mieszkańcy wzięli też czynny udział w walce o niepodległość w 1918 – 1919 r. oraz jako ochotnicy w walce z Litwinami i bolszewikami.
Radzieccy okupanci (1939-41) represjonowali tutejszych mieszkańców. Rozstrzeliwali, więzili w łagrach, zsyłali na Syberię całe wsie (Netta Folwark, Mazurki). Ciężkie przeżycia związane są także z okupacją hitlerowską. W masowych egzekucjach i obozach koncentracyjnych zginęło wiele osób. Działała na tym terenie organizacja Armii Krajowej (VII obwód). Wiele ofiar pochłonęła obława lipcowa NKWD w 1945 r. W niepodległej Rzeczypospolitej obszar gminy wchodził do powiatu augustowskiego (miasto Augustów, gminy – Augustów, Bargłów, Kolnica). Po roku 1945 były tu gromady: Żarnowo, Janówka, Rutki Nowe, Netta Druga, Białobrzegi, z których utworzono gminę o obecnym kształcie w 1973 r.